सूक्ष्मजीवों का अस्तित्व उनकी वास्तविक खोज से कई शताब्दियों तक परिकल्पना की गई थी। अनदेखी सूक्ष्मजीवविज्ञान जीवन का अस्तित्व जैन धर्म द्वारा लगाया गया था जो 6वीं शताब्दी ईसा पूर्व के रूप में महावीर की शिक्षाओं पर आधारित है। पॉल डंडस ने नोट किया कि महावीर ने पृथ्वी, पानी, वायु और अग्नि में रहने वाले अदृश्य सूक्ष्मजीव जीवों के अस्तित्व का जिक्र किया। जैन ग्रंथों में निगोडस का वर्णन किया गया है जो बड़े समूहों में रहने वाले उप-सूक्ष्म जीव हैं और बहुत कम जीवन रखते हैं, ब्रह्मांड के हर हिस्से में फैले हुए हैं, यहां तक कि पौधों के ऊतकों और जानवरों के मांस में भी। रोमन मार्कस टेरेन्टियस वर्रो ने सूक्ष्म जीवों के संदर्भ में चेतावनी दी जब उन्होंने दलदल के आस-पास एक घर का पता लगाने के खिलाफ चेतावनी दी "क्योंकि कुछ मिनट जीव पैदा हुए हैं जो आंखों से नहीं देखे जा सकते हैं, जो हवा में तैरते हैं और मुंह से शरीर में प्रवेश करते हैं और नाक और इस प्रकार गंभीर बीमारियां पैदा होती हैं। "
इस्लामी सभ्यता की स्वर्ण युग में, ईरानी वैज्ञानिकों ने सूक्ष्मजीवों के अस्तित्व परिकल्पना की, जैसे कि एविसेना ने अपनी पुस्तक द कैनन ऑफ़ मेडिसिन, इब्न जुहर (जिसे एवेंज़ार भी कहा जाता है) में पाया, जिन्होंने खरोंच के पतले और अल-रज़ी की खोज की जो जल्द से जल्द ज्ञात विवरण देते थे अपनी पुस्तक द वर्चुअल लाइफ (अल-हावी) में चेचक का।
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